Les milieux aquatiques sont des habitats subaquatiques différenciés selon le type d'eau qui les compose : eau douce, eau de mer ou eau saumâtre. Chacun de ces modèles d'écosystème aquatique abrite la vie tant végétale, animale que microbienne. Leur gestion et leur préservation est l’affaire de plusieurs acteurs.   

Les propriétaires fonciers sont tenus d’assurer l’entretien régulier des cours d’eau non-domaniaux que bordent leurs parcelles. Ils ont également la capacité d’assurer l’entretien et la protection des zones humides situées sur leurs terrains.  

Les groupements de collectivités territoriales qui exercent la compétence GEMAPI ont la faculté de mettre en œuvre les travaux nécessaires pour assurer l’entretien et l’aménagement des cours d’eau, canaux et plans d’eau, ainsi que pour restaurer les zones humides et les écosystèmes associés. Ces actions peuvent être réalisées aussi bien sur le domaine public que sur des propriétés privées. Dans ce dernier cas, le maître d’ouvrage des travaux doit obtenir une déclaration d’intérêt général prononcée par arrêté préfectoral, ainsi que les autorisations nécessaires pour accéder aux propriétés privées.  

Lorsque le propriétaire riverain d’un cours d’eau non-domanial n’en assurent pas l’entretien, il est possible d’intervenir dans le cadre d’une procédure d’office en lieu et place du riverain, et à ses frais. La FNCCR a réalisé, avec le concours du cabinet Landot, un guide juridique qui explique quelles sont les obligations et responsabilités respectives des collectivités publiques et des propriétaires riverains des cours d’eau concernant leur entretien. 

Si la carence des propriétaires fonciers dans l’entretien des cours d’eau et, de manière plus générale, des milieux aquatiques, peut motiver l’action du groupement de collectivités compétent, ces interventions peuvent également s’inscrire dans une politique globale. Afin d’assurer la cohérence dans le temps et dans l’espace des travaux réalisés, ceux-ci peuvent s’inscrire dans le cadre d’un plan pluriannuel de gestion.  

La GEMAPI est un levier indispensable des politiques de la biodiversité et de l’aménagement du territoire. La restauration et la préservation des milieux aquatiques contribue à l’amélioration du cadre de vie, à la gestion quantitative de l’eau, à la préservation des écosystèmes ainsi qu’à la prévention des inondations.